Podporu nabízí pět operačních programů

Se vstupem do Evropské unie se českým podnikatelům otevřela cesta ke strukturálním fondům, které slouží ke snižování rozdílů vyspělosti jednotlivých regionů EU a podpoře hospodářské a sociální soudržnosti uvnitř unie. V Česku existuje pět tzv. operačních programů, které zahrnují jednotlivé oblasti podpory.

Malé a střední podniky mají nejvíce příležitostí k získání finanční podpory v rámci Operačního programu Průmysl a podnikání (OPPP), který vyhlásilo Ministerstvo průmyslu a obchodu v květnu 2004. OPPP se skládá z jedenácti podprogramů. Při realizaci tohoto programu spolupracuje agentura CzechInvest s Českomoravskou záruční a rozvojovou bankou, Českou energetickou agenturou a agenturou CzechTrade. CzechInvest je garantem šesti programů a žadatelé mohou využít služeb některé z jeho 13 regionálních kanceláří.

Program Rozvoj je zaměřen na podporu vytvoření technických a ekonomických předpokladů pro zvýšení konkurenceschopnosti malých a středních podniků ve vybraných odvětvích české ekonomiky. Uznatelnými náklady projektů jsou náklady na pořízení strojů a zařízení, u nichž je žadatel prvním uživatelem, náklady na pořízení patentů, operativních nebo patentových licencí na know-how a nepatentovaných know-how a náklady na publicitu projektu.
Program Školicí střediska se zaměřuje na projekty, jejichž cílem je v jednotlivých regionech zlepšit podmínky pro rozvoj lidských zdrojů zajištěním infrastruktury potřebné pro školení a vzdělávání pracovníků podniků na různých úrovních řízení. Program Inovace má mj. podpořit realizaci projektů zaměřených na zvýšení technických a užitných hodnot výrobku a služeb. Nyní je program kvůli velkému počtu žádostí dočasně pozastaven.

Program Klastry je vytvořený tak, aby podpořil ekonomický růst a konkurenceschopnost ekonomiky rozvojem odvětvových seskupení - tedy klastrů, které mohou být vytvořeny na regionální, nadregionální anebo přeshraniční úrovni. Program je rozdělen do dvou fází. V první fází probíhá vyhledávání firem pro klastry a poté následuje fáze podpory klastru.
Hlavním cílem programu Prosperita je podpora infrastruktury pro posílení vazeb výzkumu a vývoje na průmysl, a to s důrazem na zakládání a rozvoj podnikatelských inkubátorů a vědeckotechnických parků, které vytvářejí podmínky pro vznik a rozvoj inovačních firem a zaměřují se na realizaci nových technologií.

Program Reality navazuje na zkušenosti z národního Programu na podporu rozvoje průmyslových zón. Podpora je určena pro developerské firmy, malé a střední podniky, dále pro obce, svazky obcí a kraje.