Při budování ekobazénu jsou obvykle výsledky tím lepší, čím více se podaří napodobit a nastartovat přírodní biologické cykly. Aby se nám to povedlo, musíme znát alespoň základy toho, jak vodní ekosystém funguje.
V přírodě existuje hned několik společenstev, která dokážou efektivně a bez lidského zásahu odstranit i značné znečištění vody. Z těch zjevných to jsou na prvním místě zelené rostliny. Z vody získávají látky potřebné pro stavbu svých těl, čímž jednak ze svého okolí přímo "vysávají" nežádoucí příměsi, jednak odebírají živiny, které by jinak vedly k rozvoji řas, sinic a dalších nežádoucích mikroorganismů. I v přírodě je často patrné, jak vodní plochy s rostlinami mají podstatně čistší vodu než ty prázdné.
Možná ještě větší význam než rostliny, mají organismy prostým okem neviditelné. Rozhodujícím filtračním faktorem je totiž vyvážená mikroflóra působící v ekosystému. V přirozeném vodním společenství se nachází řada drobných jednobuněčných organismů (od bakterií až po prvoky), které si ze svého okolí berou vše potřebné, čímž přispívají ke kvalitě prostředí. I když jeden toho moc nezmůže, díky obrovskému množství toho dokážou hodně.
A do třetice tu jsou také poměrně velcí mnohobuněční tvorové pracující pro blaho koupajících se lidí jako živé filtry. Patří mezi ně především mlži (například škeble rybničná), vodní houby a další.
Na čistotu vody ale mají velký vliv i tvorové, kteří v systému udržují rovnováhu. Jeden příklad za mnohé: dravé ryby zabraňují přemnožení býložravých, které by zlikvidovaly rostliny. Takových vztahů v přírodě funguje mnoho a navzájem tvoří důmyslný komplex, který si dokáže poradit s nežádoucími výkyvy.
