Pravidla pro odpočty výdajů na výzkum se změní. Inovace mají posoudit odborníci, konečné slovo si ale chce nechat finanční správa

Tři roky berní úředníci důkladně zkoumali více než dvacet inovačních projektů lanškrounské firmy Komfi. Neuznali ani jeden. Firma, která mimo jiné vyvíjí stroje na přání zákazníků z automobilového průmyslu, se proti rozhodnutí bude bránit. Pokud ale neuspěje ani u soudu, hrozí jí, že bude muset doplatit daň, kterou si odečetla. To celé může trvat i několik let.

Firem, které uvázly v takové daňové pasti, je více, což ukazuje, že způsob, jakým si v současnosti firmy odečítají výdaje na výzkum a inovace z daní, příliš nefunguje.

Berním úředníkům vadí, že se podnikatelé do výdajů snaží schovat i věci, které s výzkumem nemají nic společného. Firmy si naopak stěžují, že rozhodnutí, zda něco spadá do kolonky "výzkum a inovace", leží na úřednících, a ne na odbornících. Firmy si díky investicím do vývoje ročně sníží daňový základ o 13 mi­liard korun. Na daních tak ušetří přibližně 2,5 miliardy.

Premiér v demisi Andrej Babiš, jenž zároveň stojí v čele vládní Rady pro výzkum, vývoj a inovace, chce současnou praxi změnit. Nejpravděpodobnější je model, který se osvědčil v Rakousku. To, zda firma vyvíjí něco nového, by posuzovali nezávislí odborníci ze státní Technologické agentury (TAČR). Pokud by si tedy firma nebyla jistá, zda opravdu provádí výzkum, požádala by o názor agenturu. A právě o to, jakou váhu bude mít hlas agentury, se zřejmě povede nejsložitější debata. Konečné slovo si chce nechat finanční správa.

"Znalecký posudek či obdobné stanovisko bude vždy pouze jedním z důkazních prostředků, které správce může využít při kontrole pro zjištění skutečného stavu věci," tvrdí ministryně financí Alena Schillerová.

Ministryně Schillerová však dokonce připouští, že by se daňové odpočty na vědu a výzkum mohly zrušit úplně. Podle ní nutí firmy k investicím do výzkumu hlavně konkurenční boj. "Pro některé podniky, například z automobilového průmyslu nebo z oblasti elektroniky a IT, jsou inovace dokonce nutnou podmínkou, aby se udržely na trhu," napsala Schillerová v obsáhlém komentáři pro IHNED.cz. "Do výzkumu se tedy bude investovat stále a bez ohledu na existenci dotační či daňové podpory. Je proto otázka, zda − a také jak − se má stát ještě pokoušet stimulovat tuto aktivitu."

Daňové odpočty mohou firmy používat od roku 2005. Předloni je využilo 1262 společností. Větší zájem brzdí hlavně nejistota, jak finanční úřady daňový odpočet posoudí. Vyplývá to i z pravidelného průzkumu společnosti Deloitte. Firmy si stěžují, že berní úředníci se často zaměřují na formální nedostatky v projektech, které ale musí vývojáři sepsat ještě před jejich začátkem. "Pro firmy i správce daně by bylo jednodušší, kdyby se zpráva předkládala až ex post. Zkontrolovat, zda šlo opravdu o vývoj, je přece mnohem důležitější, než co napíšu do plánu," říká Kateřina Novotná z Deloittu.

O konkrétní formě podpory firemního výzkumu se teprve bude rozhodovat. Babiš tímto úkolem pověřil předsedu Asociace malých a středních podniků Karla Havlíčka, který s ním sedí ve vládní vědecké radě. Havlíček kvůli tomu sestaví a povede tým složený ze zástupců ministerstev, finanční správy a profesních svazů. Poprvé se sejde v pátek.

"Po letních prázdninách by firmy měly vědět, jak to s podporou výzkumu a vývoje bude dál," říká Havlíček. Je podle něj potřeba, aby si "finanční správa přestala kreativně vymýšlet, co je a není vývoj". "Úředník by měl na základě jednoznačného výkladu odpočet uznat, nebo ne."

Havlíček − na rozdíl od Schillerové − daňové odpočty hájí: "Nevím, co bychom vymysleli lepšího." Firmy mají podobný postoj. "Odpočty zvyšují výdaje do výzkumu a vývoje a hrají roli při rozhodování zahraničních investorů o umístění výrobních a výzkumných kapacit v Česku," říká Bohuslav Čížek ze Svazu průmyslu a dopravy. Podle Ladislava Minčiče z Hospodářské komory by daňové úlevy pomohly českým firmám i v soutěži se zahraničními konkurenty.